20 jaar na de laatste release maakt Gundam Seed een spectaculaire comeback in de bioscoop met een gloednieuw verhaal en een lang verwacht vervolg op de serie die een generatie van anime-fans in vervoering bracht. Herontdek Gundam Seed met dit epische verhaal vol actie op het grote doek. In het jaar 75 van het kosmische tijdperk (C.E 75) wordt er nog steeds gevochten. Er zijn onafhankelijkheidsbewegingen en er is agressie van Blue Cosmos… Om de situatie te kalmeren wordt er een bureau opgericht, Compass, dat de wereldvrede moet bewaren. Lacus wordt de eerste voorzitter. Als leden van Compass mengen Kira en zijn kameraden zich in verschillende regionale gevechten. Dan stelt een nieuw opgerichte natie, Foundation genaamd, een gezamenlijke operatie voor tegen een bolwerk van Blue Cosmos.