Eden is gebaseerd op een waargebeurd verhaal. In de jaren 1930 probeert een groep mensen te ontsnappen aan de druk van de samenleving. Ze willen rust, vrijheid en een nieuw begin vinden op het afgelegen en toen nog onbewoonde Galápagos-eiland Floreana.
De eerste die zich op het eiland vestigen zijn de Duitse arts Friedrich Ritter (Jude Law) en zijn partner Dore Strauch (Vanessa Kirby). Ritter werkt aan een filosofisch manifest en probeert daarnaast Dore te helpen met haar ziekte MS. Hun bijzondere leven trekt de aandacht van de media. Dat inspireert oorlogsveteraan Heinz Wittmer (Daniel Brühl) om samen met zijn jonge vrouw Margret (Sydney Sweeney) en hun zoon ook naar het eiland te komen. Het samenleven verloopt stroef, maar langzaam ontstaat er vertrouwen en samenwerking.
De rust wordt verstoord als de excentrieke, zelfbenoemde barones Eloise (Ana de Armas) arriveert met grootse plannen voor een luxehotel op het eiland. IJdelheid, manipulatie en hebzucht zetten de fragiele gemeenschap onder zware druk...