Suzume is het coming-of-age-verhaal van de 17-jarige Suzume. Ze reist af naar verschillende rampgebieden in Japan waar ze deuren moet sluiten die verwoesting veroorzaken. Suzume’s avontuur begint in een rustig plaatsje op het eiland Kyushu (in het zuidwesten van Japan), waar ze een jongeman ontmoet die zegt dat hij een deur zoekt. Op een verlaten plek vindt Suzume te midden van de ravage een losstaande verweerde deur die niet lijkt aangetast door de rampspoed. Omdat de deur Suzume op een mysterieuze wijze aantrekt opent ze hem, waarna er door heel Japan deuren opengaan en alles in hun omgeving verwoest dreigt te worden. Om nog meer rampen te voorkomen moet Suzume de portalen zien te sluiten.