Het verhaal van Johnny Story 3: The Movie begint bij het einde van Johnny Story II, Johnny wordt opgepakt en krijgt een gevangenisstraf. Na verloop van tijd en verschillende gebeurtenissen in de gevangenis, komt hij vrij.
Eenmaal buiten voelt Johnny dat de straat niet meer is zoals het was. Hoewel de zaken goed gingen toen hij binnen zat, zijn de prijzen op straat duurder geworden. Voor Johnny is het nu aanhaken of afhaken: het is tijd om zijn 'game’ te ‘up-steppen'. Plots komt er een kans voor Johnny’s team om van de kleinere jobs op straat af te zien en voor het grote geld te gaan. Een job overseas, naar Engeland. Johnny voelt de ponden al in zijn zak zitten. Dit is het startschot van een reeks gebeurtenissen die Johnny zijn leven op z'n kop zet.